На территории цитадели в здании старого турецкого порохового погреба (единственной сохранившейся в цитадели турецкой постройки) создан и работает музей Бендерской крепости. Огромное помещение площадью свыше 200 кв. м., как и сама крепость, имеет свои тайны. Например, под плитами пола находятся две крюйт-камеры – два помещения, в которых хранился порох и другие взрывчатые припасы. Это естественно и разумно – прятать взрывчатку глубоко под землю. Мало ли куда может попасть случайное, но раскаленное ядро…В верхнем помещении турки хранили оружие, мешки, корзины, «неначиненные» ядра – всякие хозяйственные припасы. А теперь здесь – музей самой крепости. Экспозиция составлена большей частью из предметов, найденных при раскопках на крепости, но много здесь и подарков от жителей города, которые, узнав, что крепость восстанавливается, дарили в ее музей ценности и предметы, хранившиеся в семьях не одну сотню лет. Впрочем, любовь бендерчан к своему городу общеизвестна…
В центре экспозиции располагается макет центральной части территории крепости, по бокам от него – две диорамы: «Лагерь шведского короля Карла XII» и «Штурм Бендерской крепости войсками генерал-аншефа Панина в 1770 г». Автор диорам – местный художник Н.П. Дмитриенко. Поскольку формирование экспозиции музея еще не закончено, в работе находится еще один макет – на сей раз полный вид всей территории Бендерской крепости. До сих пор подобного макета не было ни в музее города, ни в Кишиневе. Экспозиции музеев формируются долго, годами, иногда десятилетиями…
Сама по себе экспозиция в музее выстроена во временном контексте. Слева направо расположены планшеты с информацией, а также витрины с экспонатами, рассказывающими об истории крепости с древнейших времен и далее, потом затрагивающих украино-шведский и турецкие периоды истории, затем экспозиция посвящена Молдавскому княжеству, потом уже периоду русско-турецких войн. Заканчивается экспозиция музея витриной с уникальной коллекцией огнестрельного оружия и планшетом с портретами известных личностей, чья судьба так или иначе связана с историей крепости. В витринах имеются уникальные экспонаты коллекций холодного оружия, молдавской керамики, царских монет и банкнот. Конечно же, есть пушечные ядра, мушкетные пули и многое другое.